En un entorno de producción, es muy recomendable tener activado el log de consultas lentas, para irlo analizando de vez en cuando.
La activación se realiza en el fichero de parámetros usado (por ejemplo my.cnf), añadiendo dentro de la sección [mysqld]:
log_slow_queries = /var/log/mysql/mysql-slow.log
long_query_time = 10
log-queries-not-using-indexes
Activamos el log de consultas lentas y serán escritas en el log (parámetro log_slow_queries) las que tarden más de 10 segundos (parámetro long_query_time) y además las consultas que no usen índices (parámetro log-queries-not-using-indexes).
Ojo que el fichero de log hay que crearlo antes, aunque he observado que depende del sistema operativo y de la versión de MySQL.
Es posible que en este log aparezcan consultas que una vez observado el plan de ejecución, estén usando índices por ejemplo. Lo que ocurre es que aquí también aparecen las consultas, que realizan un recorrido completo de un índice.
Os dejo un enlace a la documentación: